銀河系マップに14の新たなボーグ星系が登場します。新しいボーグ星系にワープする際は十分注意してください。ワープすれば、一度消費すると戻らないトランスワープ・セルを消費してしまいます。新たなボーグ敵対船、ボーグ・タクティカル・プローブがボーグ星系で待ち構えています。それらの危険な敵対船を倒すには最強の船が必要となりますが、倒せば精錬所で使える貴重な不活性ナノプローブが手に入ります。
新しいボーグ星系一覧：メトラ・アルファ（25）メトラ・ベータ（25）メトラ・ガンマ（25）ベネス・アルファ（26）ベネス・ベータ（26）ベネス・ガンマ（27）ベネス・デルタ（27）ローダ・アルファ（28）ローダ・ベータ（28）ローダ・ガンマ（29）ローダ・デルタ（30）コルタ・アルファ（31）コルタ・ベータ（32）コルタ・ガンマ（33）詳しくは、公式ブログの「よくある質問」をご確認ください。
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Star Trek™ Fleet Command GAME GUIDE