クラン対戦のマッチメイキングは、各クランに所属するメンバーの総合的な戦力を基準に決定されます。クランの戦力は各メンバーの攻撃力（ユニット、アーミーキャンプの収容数、呪文、ヒーロー）および防衛力（防衛設備、壁、トラップ、ヒーロー）で評価されます。
また、対戦相手の選出時には各クランの防御力が優先的に考慮されます。インフェルノタワー、イーグル砲、グランドウォーデンなど、ある程度ゲームを進めたプレイヤーが利用できる強力な防衛設備やユニットがクラン対戦の対戦相手検索に与える影響は、とても大きなものになります。
プレイヤー同士の対戦とは異なり、クラン対戦では対戦相手の選出時にトロフィー数は影響しません。
また、建物の配置や基地の設計を変えても戦力には影響しません。各メンバーの戦力評価が変わるのは、ユニット、防衛設備、呪文などをアップグレードした場合だけです。
さらに、それまでの勝敗の記録も検索に影響します。過去の勝率を元にマッチメイキングを行うことで、最も勝負しがいのあるクランが対戦相手になることを保障します。