在司令部等級達到15級時您便可以解鎖武器實驗室。您可以利用從黑暗衛隊那裡繳獲的原型模組打造出強大的原型防禦武器。
所有的原型武器都是不穩定的實驗品，這就導致了他們會在被放置出來的7天後自動銷毀。每種原型防禦武器都分為3個等級。
您所能建造的原型武器的種類如下：
震爆器
震爆器以高頻率發射出震爆彈，在輸出大量傷害的同時還可以凍結目標。震爆器高射速、長射程、無盲區、高秒傷的特點使它成為了不可多得的全能防禦武器。
1級武器實驗室可解鎖。
激光
該原型武器所發射的激光可以穿透認和目標，對沿線的敵軍造成中等傷害。 激光會利用射線掃射攻擊一定距離內的敵人，這使得它非常適用於應對重機槍手和火箭砲手這樣數量眾多的部隊。
1級武器實驗室可解鎖。
毀滅加農砲
毀滅加農砲可以發射一束毀滅射線，直接摧毀大部分兵種。它的每次攻擊傷害超高，但是射速極低。現在它的攻擊具備小範圍的傷害效果，可以同時傷害到主要目標附近的部隊。毀滅加農砲在對付坦克和烈焰站車這樣高血量的兵種時具有奇效。
1級武器實驗室可解鎖。
傷害放大器
傷害放大器通過高壓雙曲線超載力場，提高附近所有防禦建築的傷害輸出。傷害放大器就像是一個能夠增強防禦建築攻擊傷害的神像，不過只有位於它附近的防禦建築才能享受攻擊加成效果。
1級武器實驗室可解鎖。
護盾發生器
護盾發生器可在司令部周圍生成一個力場為其抵禦傷害。如果護盾發生器被摧毀，護盾也會隨即消失。護盾發生器的擺放位置至關重要，毫無防護的護盾發生器可被任何部隊輕鬆摧毀，從而使司令部損失了一層護盾。
1級武器實驗室可解鎖。
機械飛爪
機械飛爪可以通過發射飛爪將一個敵軍單位拉至面前。雖然傷害較低，但是它可以將超遠距離外的敵軍拉至面前。如果佈置得當，被抓取的敵軍將會遭到其他防禦建築的集中攻擊。 它的不足之處在於射速較低，不過您可以通過建造高等級機械飛爪來彌補這一不足。
1級武器實驗室可解鎖。
高壓噴火器
高壓噴火器是一個加強版的火焰噴射器，同時攻擊範圍也更大。高壓噴火器在敵軍進入攻擊範圍之前會一直隱藏在地堡之中。它是唯一一種在其發動進攻之前不會受到任何戰艦能力或者部隊傷害的防禦武器，不過震爆彈可隨時對它產生作用。在它探出地堡到發動攻擊之間會有一小段時間的空隙。如果它周圍沒有可攻擊的目標，那麼它會重新潛入地堡。
2級武器實驗室可解鎖。