Бонусы в match-3 уровнях Fishdom появляются, если собрать комбинацию из четырёх и более фишек. Сейчас в игре доступны следующие типы бонусов:
Петарда — производит взрыв радиусом в одну клетку. Чтобы получить петарду, необходимо собрать комбинацию из четырёх фишек одного цвета.
Бомба — производит взрыв радиусом в две клетки. Чтобы получить бомбу, необходимо собрать комбинацию из пяти фишек одного цвета.
Динамит — производит взрыв радиусом в три клетки. Чтобы получить динамит, необходимо собрать комбинацию из шести фишек одного цвета.
Боеголовка — производит взрыв радиусом в четыре клетки. Чтобы получить боеголовку, необходимо собрать комбинацию из семи фишек одного цвета.
Молния — уничтожает все фишки одного цвета. Чтобы получить молнию, необходимо сначала зарядить ее, взрывая другие бонусы.