在司令部等级达到15级时您便可以解锁武器实验室。您可以利用从黑暗卫队那里缴获的原型模块打造出强大的原型防御武器。
所有的原型武器都是不稳定的实验品，这就导致了他们会在被放置出来的7天后自动销毁。每种原型防御武器都分为3个等级。
您所能建造的原型武器的种类如下：
震爆器
震爆器以高频率发射出震爆弹，在输出大量伤害的同时还可以冻结目标。震爆器高射速、长射程、无盲区、高秒伤的特点使它成为了不可多得的全能防御武器。
1级武器实验室可解锁。
激光
该原型武器所发射的激光可以穿透任何目标，对沿线的敌军造成中等伤害。 激光会利用射线扫射攻击一定距离内的敌人，这使得它非常适用于应对重机枪手和火箭炮手这样数量较多的部队。
1级武器实验室可解锁。
毁灭加农炮
毁灭加农炮可以发射一束毁灭射线，直接摧毁大部分兵种。它的每次攻击伤害超高，但是射速极低。现在它的攻击具备小范围的伤害效果，可以同时伤害到主要目标附近的部队。毁灭加农炮在对付坦克和烈焰战车这样高血量的兵种时具有奇效。
1级武器实验室可解锁。
伤害放大器
伤害放大器通过高压双曲线超载力场，提高附近所有防御建筑的伤害输出。伤害放大器就像是一个能够增强防御建筑攻击伤害的神像，不过只有位于它附近的防御建筑才能享受攻击加成效果。
1级武器实验室可解锁。
护盾发生器
护盾发生器可在司令部周围生成一个力场为其抵御伤害。如果护盾发生器被摧毁，护盾也会随即消失。护盾发生器的摆放位置至关重要，毫无防护的护盾发生器可被任何部队轻松摧毁，从而使司令部白白损失了一层护盾。
1级武器实验室可解锁。
机械飞爪
机械飞爪可以通过发射飞爪将一个敌军单位抓至跟前。虽然伤害较低，但是它可以将超远距离外的敌军抓至跟前。如果布置得当，被抓取的敌军将会遭到其他防御建筑的集中攻击。 它的不足之处在于射速较低，不过您可以通过建造高等级机械飞爪来弥补这一不足。
1级武器实验室可解锁。
高压喷火器
高压喷火器是一个加强版的火焰喷射器，同时攻击范围也更大。高压喷火器在敌军进入攻击范围之前会一直隐藏在地堡之中。它是唯一一种在其发动进攻之前不会受到任何战舰能力或者部队伤害的防御武器，不过震爆弹可随时对它产生作用。在它探出地堡到发动攻击之间会有一小段时间的空隙。如果周围已没有可攻击的目标，那么它会重新潜入地堡。
2级武器实验室可解锁。